奔走联省自治运动
在章太炎对新文化运动频发针砭之论的同时，他还积极参与了在当时中国政坛掀起一股波澜的联省自治运动。
联省自治思潮的源头是地方自治思潮。这一思潮从19世纪下半叶开始在中国传播开来，最开始是一些有洋务经验的官绅目睹英国与美国的地方行政制度，认为后者的中央与地方关系体现出地方自治的特征，这样可以通上下之情，提高行政效率。甲午战争之后，康梁师徒鼓吹变法，他们受到日本出版的介绍地方自治的著作之影响，认为施行地方自治能让国家基础越发牢固，民众的民主意识与政治参与意识也可得到提升。但是，在康梁那里，实际有条件在地方自治框架里作为政治参与者的主要是地方上的士绅地主，普通民众，尤其是占人口绝大多数的农民，则被认为素质有限，不能被赋予权利。到了清末，清政府内支持立宪的官僚相信地方自治是医治中国政治弊病的良方。他们认为这样可以训练政治人才，沟通官民关系，更为顺畅地在地方上推行各类新政。1907年，体现地方自治主张的各省咨议局成立。该机构看上去是一个具有民主外观的地方，但实际上，咨议局议员的选举资格十分苛刻，要求中学以上学校毕业或举贡生出身，曾任文官七品、武官五品以上且未被参革，在本省有5000元以上营业资本或不动产的。实际上能满足这些要求的只有非富即贵的上层士绅或脱胎于他们的新式资本家，不少省份符合此条件的“合格候选人”只占全省人口百分之五左右，这就导致占人口百分之九十九以上的人并无参与其事的资格。
辛亥革命之后，“国权”与“民权”两种声音在政坛上并存。梁启超一改戊戌变法期间的论调，认为中国在列强环伺的局面下应加强中央的力量，避免造成事实上的割据状态。因此，在制度设计上应以中央集权为方针，让强有力的中央政权得以有效管理地方。当然，这样的声音自然让希望独揽大权的袁世凯颇为中意。为了对抗袁世凯，孙中山、黄兴、胡汉民等革命党人就鼓吹地方自治，强调地方分权的重要性，认为这样可以培养国民自治能力，有助于普及共和精神。究其实，这些理由很大程度上只是幌子，他们真正的目的是希望借地方分权来制约袁世凯。此外，一些原立宪派成员，如张謇等人，或是受到流行于世的政治学理论影响，或是希望能让自己在地方上的地位与特权继续得到巩固，也公开撰文，主张地方自治。
在那一时期，章太炎对待地方自治的态度颇为复杂。在从日本回国途中，他认为：“最适于中国者，莫过于联邦政治。”可回到国内后，目睹政治与社会的混乱场景，以及列强对中国利益的窥视，章太炎开始主张巩固国权，避免出现政治与经济上的分裂，给列强可乘之机。当然，他这一主张是有重要前提的，即在中央执掌政权者必须具有强烈的国家意识，有能力、有决心带领中国摆脱近代以来的困境，对内夯实国基，对外抵御侵略。另一方面，关于地方行政制度，他超越了简单地将中央集权与地方自治二元对立起来的做法，而是从中国历代地方行政制度史的流变出发，思考如何划分地方行政单位。在他看来，肇始于元代的省制在实践当中有诸多不便，既无集权之效，也无分权之利，反而容易造成地方割据。他建议将军事区域与民政区域区分开来，“军府”的管辖区域不妨扩大，但不能干涉地方民政，民政区域则必须缩小，把一省分为数道，全国共设置六七十道，如此既避免出现尾大不掉的地方割据政权，又能在道的范围里进行充分而有效的治理。他认为，如此这般，“名为中央集权，乃愈促地方进化”。
1918年，在安福系操纵的国会选举中，北洋元老徐世昌被推举为总统，实权逐渐掌握在皖系军阀首领段祺瑞手中。先前曾希望通过与段祺瑞合作来获取国会主导地位的以梁启超、林长民为代表的研究系，在被皖系军阀利用完后一脚踢开，梁启超等人的政治抱负再次落空。掌握中央大权之后，段祺瑞向日本借款，扩充军力，制造舆论，鼓吹武力统一。可是出任总统的徐世昌却有自己的盘算，他希望平衡各方政治力量，以此巩固自己的位置。于是他打着“文治”的旗号，宣称要进行南北和谈。与此同时，在湖南前线指挥部队与南方护法军作战的北洋集团中的直系将领曹锟、吴佩孚等，因不满段祺瑞将湘督之位授予皖系军人张敬尧，于是在前线停战熄火，开始鼓吹用和谈方式解决南北纠纷。同样地，南方护法阵营内部也出现主和之声，主要以岑春煊为代表。而在饱受战乱之苦的国内精英阶层眼里，既然南北双方都有和谈的意愿，那么当然值得一试，这样至少可减少因内战而造成的破坏。孙中山虽然希望继续与北洋军作战，但在和谈声音越来越大的情形下，由于手无实权，只好勉强答应。
对于南北和谈，章太炎有自己的看法。他固然反对南北之间战争不断，但他更反对徐世昌担任总统。在他看来，徐世昌与袁世凯关系紧密，在袁世凯称帝期间态度暧昧，严格说来也是帝制余孽。让这样的人担任总统，是对中华民国政治合法性的嘲弄。同理，推选徐世昌为总统的安福国会，也是冒充民意的伪国会。而徐世昌派来与南方护法政权商议和谈的朱启钤也曾参与帝制运动，因此没有资格代表北方政权来谈判。对于南方护法政权的谈判代表唐绍仪，章太炎则怀疑他与朱启钤串通一气，借和谈来巩固徐世昌之位。他主张：“今西南所以自名者，护法也。曩日为保持国会，今国会已集矣。但令世昌退位，伪国会解散已足，不当先论他事。”在给参众两院议员的公开信里，章太炎指出：“鄙人以为时至今日，和战两穷，唯有速选总统以绝北人希望。”“若信世昌之才为可以安抚中国者，吾见清、袁两代，皆以徐世昌为宰相而相继灭亡也。亡国大夫而可选为大总统，帝制派之谋主而可选为大总统，倪嗣冲、雷震春所推戴之大元帅而可选为大总统，则前此之革命护国者，当处极刑，尚何护法之有？”
从法理上说，章太炎的主张不无道理，但在现实政治博弈中，南方护法政权根本没有足够的力量去实现这一主张，孙中山本人也不会依此行事。在南北和谈中，全国大多数民众希望的是停止战争，实现和平，可南北双方却进行着充满算计的政治交易。双方聚焦于国会问题，南方阵营认为北方的国会是非法的，北方阵营则声称南方的“旧国会”没有代表性。后来北方阵营改变策略，试图把焦点从国会问题转移到徐世昌的总统地位问题，希望以此换取南方阵营承认徐世昌为合法总统。从北方阵营立场看，只要徐世昌守住总统之位，那么中央政权至少还控制在北洋集团手中。但这一方案却遭到北方安福国会的议员们反对，因为这样会涉及解散现有国会，另行重新选举，彼辈的位置就有可能不保。无独有偶，南方的“非常国会”也基于同样理由反对这一方案。由此可见，章太炎对北方阵营的批判固然一针见血，但他自己所属的南方护法政权其实也绝非秉公循理。
在南北双方和谈陷入僵局之际，社会上的政治与文化精英开始寻找新的解决战乱之方式。1919年前后，不少人纷纷撰文，主张应以省为界，施行地方自治，缩小中央权力，杜绝为了争夺中央政权而兵戎相见。与之相关的，就是鼓吹应由各省分别制宪，体现各省“民意”的声音越来越多。各省出现了不少致力于地方自治的团体，他们创办刊物，发表宣言，互相联络，一时间响应者甚广。作为当时积极参与联省自治之人，李剑农归纳：“所谓联省自治运动，含有两方面的意义：第一，是容许各省自治，由各省自己制定一种省宪（或各省自治根本法），依照省宪自组政府，统治本省；在省宪范围内，非但可以免去中央的干涉，便是省与省之间也可免去侵略的纠纷，什么大云南主义、大广西主义都应该收拾起来。第二，是由各省选派代表组织联省会议，制定一种联省宪法，以完成国家的统一——就是确定中国全部的组织为联邦制的组织；如此既可以解决南北护法的争议，又可以将国家事权划清界限，借此把军事权收归中央，免去军阀割据之弊。”纵观各派政治力量，以梁启超为代表的研究系因被安福系挤出国会，心生怨恨，所以支持搞联省自治，削减皖系军阀权力。留在北京的旧国民党人士出于同样的理由也支持联省自治。西南军阀因为暂时无力与北洋集团抗衡，为了保全自己势力范围，十分支持联省自治。北洋集团中的实权人物吴佩孚在湖南通电主和时，一度鼓吹联省自治，可是在1920年的直皖战争中战胜皖系之后，他就幻想自己能够建牙开府，统一全国，故极力反对联省自治。而在直皖战争中失利的一方，比如属于皖系的浙江督军卢永祥，则支持联省自治。以较为明确的态度反对联省自治的大概只有孙中山，但他一无地盘，二无军队，即便反对，也很难付诸实践。对此，原进步党人刘以芬这样评论：“盖失意政客，既为求适应其政治环境而倡为是说，而一部分军阀，亦以其适足藉此自固而乐为赞成，遂至如响斯应，蔚为大观。但观国民、进步两党，在五六年国会中，因地方制度列入宪法问题，演成互殴，而此时唱自治者，竟多属平昔主张集权之党人，而素持分权者反间出而反对之。至各省中之表赞同者，如浙卢、奉张、闽李等，亦皆为前此拥护段祺瑞武力统一政策之军人，此中消息，实不难于窥见矣。”
在支持联省自治的政治版图里，湖南省的态度最为积极。由于该省地处南北要冲，南北之间一旦发生战争，湖南就会遭受战火之灾。1918年北洋军与南方护法军在湖南交战，让当地民众饱受其苦，不但造成平民罹难，而且破坏了经济与社会秩序。1918年属于北洋系的张敬尧被任命为湖南督军，在当地搜刮民财，横征暴敛，大开杀戒，招致极大民怨。因此联省自治思潮出现后，湖南本地的政治与文化精英立即响应。在熊希龄的建议下，曾被段祺瑞排挤出湖南的谭延闿率领军队打起驱逐张敬尧的旗号。而为了获得更多支持，谭延闿发表通电，主张施行联省自治，让湖南省脱离军阀混战与南北之争，一心一意保境安民。这一举动很快获得本地精英的大力支持，随后在全国范围内引起回响。虽然不久之后谭延闿被手下将领赵恒惕夺权驱逐，但后者依然延续了谭延闿联省自治的主张。对此，一直在冷眼旁观国内政局的严复颇为犀利地指出：“旧日帝党谋燃复辟之灰，而不利复辟，如熊凤凰诸公，则一变为联邦之说，以谓惟此可以救败免亡。虽然，联邦制有德制美制之殊。德制上有共主，下有封建，吾国无是之基础也。吾国所有，乃群督之拥兵，如唐五代之藩镇，藩镇联邦实不过连横合纵已耳，其不足已乱，殆可决也。”
支持联省自治的群体主要包括士绅阶层、民族资本家，以及倾向于自由主义立场的知识分子。前两者主要希望借此来保障自己在当地的利益，能通过较为安定的环境来经营实业，发展资本主义。最后一类人在利益诉求上与前两类人相似，加之受到域外学理影响，因此比较天真地相信联省自治能作为在中国实现西方资本主义政治体制的起点。1920年12月，赵恒惕大张旗鼓地重申施行联省自治的决心，并声称要走“专家制宪”之路，成立制宪筹备处，由省政府出面聘请专家学者草拟宪法初稿，再由本省绅商代表组成审查委员会审议。可以说，这次制宪过程就是以本省精英为主，加上一些全国各地名流，聚集到一起参与政治讨论。这样既能凸显他们的利益诉求，又能为赵恒惕博得一个礼贤下士、尊重民意的美名。当然，这个“民”是有特定限制的。
章太炎十分支持联省自治运动。1920年秋，他看到“湘、川皆以恢复故土为号。余既议湘、川同盟，知军政府必不支，则以自治同盟为说”，于是“抵长沙，以联省自治说其人士”。在长沙期间，章太炎发表演讲，陈述自己对于联省自治的主张。他认为：“从前的中国，都是中央集权，各省的财产生命权，都操在中央手中，试看民国成立以来，甚么总统制、内阁制，无不利用外交，把各省的财产卖个干净，要免除中央的专制，非行联邦制不可。”可见，他之所以主张联省自治，主要出发点是批判长期由北洋集团把持的中央政权为了巩固权势而不断与列强签订条约或协议，出卖中国利益。在这个问题上，各省却没有制衡的能力。为避免北洋集团继续干卖国勾当，需要用各省来分其权。不过章太炎也承认，各省长期由大小军阀控制，所以“这军政长官何从选出，却也是个大问题”。“现在既行自治，那一班武人，实在无法制裁他。”对此，他给出的方案是：“鄙意一面削小武人兵权，一面还须武人自身有觉悟，这自治才有真精神。”
1920年11月，章太炎在长沙发表《联省自治虚置政府议》，进一步申说己意。他指出，为了结束民国以来的军阀混战，“自今以后，各省人民宜自制省宪法，文武大吏，以及地方军队，并以本省人充之；自县知事以至省长，悉由人民直选；督军则由营长以上各级军官会推。令省长处省城，而督军居要塞，分地而处，则军民两政自不相牵。其有跨越兼坼称巡阅使或联军总司令者，斯皆割据之端，亟宜划去”。
此外，他认为：“近世所以致乱者，皆由中央政府权藉过高，致总统、总理二职，为夸者所必争，而得此者，又率归于军阀。”要想杜绝这一现象，则需“虚置中央政府，但令有颁给勋章、授予军官之权，其余一切，毋得自擅”。尤有近者，“军政则分于各省督军，中央不得有一兵一骑。外交条约则由各该省督军、省长副署，然后有效”。他相信这样的制度设计可以实现“政府虽存，等于虚牝，自无争位攘权之事”。
1921年初，章太炎复向其他省份的联省自治支持者喊话，声称要制止辛亥革命以来的政治乱象，需“地方权重而中央权轻”。他特别强调，联省自治与联省政府不同，前者是由本省民众选举本省人充当军、警、民诸部门长官，是在各省自治的基础上的联合；后者则“只求各省附己，而不问该省长官军警是否本省人所充，是否本省人所举，借大名以胁小民，援暴客而侮土著，其势有所必至”。不久之后，他基于这一立场，给熊克武、刘湘、赵恒惕、顾品珍等西南军阀发电报，强调不能混淆联省政府与联省自治，要想实现后一目标，需要各省军阀把自己的军队从邻省撤走，不能在本省大谈联省自治，对邻省则希图占领。
1921年6月，盘踞浙江的军阀卢永祥也宣布筹划联省自治。他本非浙江人，之前对于联省自治也没有什么正面表态，此时突然宣布赞成此议，主要是由于他属于皖系，而皖系在之前的直皖战争中败给直系，后者开始定点清除皖系在各省的势力。为避免盘踞北京的直系势力入主浙江，卢永祥决定利用早已在浙江籍政治与文化精英当中颇有市场的联省自治论作为自己的政见，这样既可抵制直系，又能换取本地精英的支持。对于卢永祥的表态，浙江精英阶层抱以支持态度，并成立探讨与鼓吹联省自治的组织，商讨制定省宪事宜。章太炎得知这一消息后，也表示大力支持，发电报声称：“鄙意卢公宜速宣布自主，而浙人则极端主张自治，精神既可互助，名义不必苟同，庶名实相符，无所牵掣。”并委托褚辅成代表自己赴浙江参与此事。虽然浙江的自治运动搞得有声有色，甚至制定出了一部在表面上颇有民主精神的宪法，但这场运动之所以兴起归根结底是由于卢永祥想借此自保，在他那里，自保是第一位的，是否自治，是否有一部外观漂亮的宪法，都是次要的。因此，一旦别的军阀有窥伺浙江之迹，卢永祥的主要精力就放在整军经武上面。到了1924年，面对直系军阀孙传芳大兵压境，卢永祥只好宣布下野。浙江士绅精英们虽然还在从学理上探讨自治之道，但看到孙传芳大军，他们很快就变得现实起来，开始摸索如何与孙传芳展开合作。
在章太炎那里，联省自治一方面是为了保障地方权益，另一方面则是防止中央政府被恶人占据，从而干出祸国殃民的勾当。因此，他在1922年6月撰文批评中国政坛上的“三蠹”——约法、国会、总统。他认为现行约法偏重中央集权，容易被枭雄借为专制之护符；国会议员时常狼狈为奸，为一己之地位而不顾正义，早已没有代表性；总统一职乃军阀用武力所争夺的对象，每一次总统更迭，必伴随一次军阀混战。所以，要想实现国内和平，需要限制此“三蠹”。他的设计是：“今拟联邦制成后，明定中央政府，用合议制，以诸委员行之，员额既多，则欲得者自有余地；权力分散，则枭鸷者不得擅场；集思广益，则狂妄者不容恣言，而仁柔者不忧无助。是故当其选举也，则争不至于甚剧；及其处机也，则乱不至于猝生。”或许是为了澄清自己这一主张并非意在制造割据，章太炎不久之后又撰文声称：“今所最痛心者，莫如中央集权，借款卖国，驻防贪横，浚民以生，自非各省自治，则必沦胥以尽。为此计者，内以自卫土著之人民，外以共保全国之领土。卫人民则无害于统一，保领土则且足以维持统一矣。野心侵略之人，必以此为分裂，是何谓也？岂其心不愿分权于国人，而愿分权于敌人耶？”很明显，章太炎强调，联省自治不是为了分裂中国，而是为了更好地保全中国，自治是暂时手段，统一才是根本目的。既然此刻没有合适人选堪任全国领袖，那么不妨让各省精英群策群力，确保各省利益不被列强侵蚀。
1922年，第一次直奉战争爆发，在吴佩孚的指挥下，直系部队击败觊觎北京的奉系军阀张作霖，直系势力得到发展，大有掌中枢而平天下之势。此时直系军阀觉得由安福国会推举出来的大总统徐世昌颇为碍事，遂逼迫其辞职隐退。从动机来看，直系领袖曹锟一直有大总统之梦，雄踞洛阳的吴佩孚也希望总统之位由直系人物出任。但为了掩人耳目，使自己的野心表现得不那么直接，同时为了让直系掌权显得名正言顺，曹锟与吴佩孚以“恢复法统”为口号，决定将早已无兵无权的黎元洪抬出来担任总统，为直系逐渐夺权作掩护。章太炎建议黎元洪在答应就任之前，“请南都武昌，无滞宛平中”。黎元洪则发表通电，提议“废督裁兵”，声称如果各地军阀能做到这一点，他就出任总统。这个主张固然不符合直系军阀的利益，但为了让黎元洪尽快出山，他们就口头上顺从其意，草草应付。章太炎为了响应黎元洪“废督裁兵”主张，与张继联名发表通电，劝告“如北方早自觉悟，宜限半月以内，先将岳州、江西让出，一月以内，再将湖北让出，认湖北为南北缓冲之地，除湖北省民自练军队外，南北各省，不得驻兵。如此切实办到以后，磋商联邦宪法，裁兵废督，自有余地”。很明显，为了替黎元洪争取支持，章太炎将他主张的联省自治与黎元洪的“废督裁兵”联系起来，把二者解释为相辅相成的关系。
黎元洪在上任之初确实想做一些事情来装点门面。他任命法学家王宠惠为内阁总理，延揽顾维钧、汤尔和、罗文干、徐谦等一批政治名流入阁，时人称之为“好人内阁”。而实质上，正如顾维钧指出的，“吴将军（吴佩孚）是强有力的人物，是内阁的后台”。更有甚者，由于曹锟想当总统的欲望愈发强烈，眼见黎元洪开始广收人心，担心后者成为自己总统路上的绊脚石，于是策划制造事端，先是在黎元洪任期上大做文章，希望缩减其任职时间，随后鼓动议员制造倒阁风波，逼迫黎元洪让出总统之位。1923年6月，在京的军警、官佐以讨饷为名包围黎元洪官邸，用逼宫的形式催促黎元洪赶快让位。无奈之下，黎元洪只好随亲信出走天津，辞去大总统之职。自从武昌起义以来，章太炎一直认为黎元洪是共和政体下的理想领袖，因为他性格随和，待人宽仁，甚至相信“使公（黎元洪）得位乘权十年，边患必不作，陆海军亦日知方矣”。但黎元洪之所以显得宽厚老实，与其说是因为他的性格，不如说是因为他十分清楚自己手中无兵，且之所以能登上民初历史舞台，主要是因为武昌起义中由于偶然因素被起义官兵推举出来领导部队，所以要想在手握重兵的北洋军阀与长期致力于革命运动的革命党之间生存，必须收敛个性，讨好各方，身段柔软，八面玲珑。这也意味着他不太会长期坚持某种政治主张，而是根据时势变化决定自己的行动。时人曾这样评价他：“（黎元洪）对民国从无一些功绩，拿一副假面具，和几位稍有声势的人周旋。遇着事情，假痴假呆，人家以为他是一个好人，他的声誉从此一天一天地响起来。”“他一受人的抬举，就自大起来；一受人的压迫，就柔顺起来。”更有甚者，黎元洪参加革命本已带有不少被逼无奈的意味，这也决定了他不太可能以拱卫共和为己任，否则他也不会在府院之争时让公开反对共和的张勋带兵进京了。这种在政局混乱之际求自保的人，不干太多无原则之事已属难得，要想指望这样的人领导中国走向富强，很大程度上是一厢情愿。
让章太炎一厢情愿的不仅是黎元洪，还有他多方奔走的联省自治运动。关于湖南省的情形，李剑农一针见血地指出：“自张敬尧被逐后，制宪自治的招牌虽然挂出来了，但有一个最难解决的问题就是军队过多，各将领又彼此不相上下；省库的收入既不足以供军队的需求，要裁减又不能得各将领的同意；裁甲留乙甲不肯，裁乙留甲乙也不肯；彼此分据防地，把持税收，省库不名一钱；防区有肥瘠，瘠区的驻军还要向省库索军饷。在这种情形之下，所谓制宪自治只是粉饰外观之具，内部实有不能终日之势；因是那些穿短衣、佩指挥刀的倡言自治者渐渐忘了自己所挂的招牌，想进一步地向外发展。”湖南的联省自治运动虽然唤起了本地政治与文化精英的极大热情，但真正主导该省政治走向的还是那些控制军队的军阀。当他们需要联省自治的招牌时，他们就会摆出一副拥护的姿态，当他们不再需要这块招牌，或者联省自治的实践损害到其利益时，他们也就不会继续支持这一运动。而在本省精英那里，联省自治中的“自治”得由他们来主导，所谓“民意”主要也是他们的意见。如果普通民众也在此口号下要求更多的权利，特别是受到五四新文化运动影响的青年学生希望借此运动来实现自己的政治理想时，精英阶层中的绝大部分人也不会采取支持态度。1924年，兵强马壮的吴佩孚要求赵恒惕取消自治，后者尽管不情愿，但畏于吴佩孚的军力，只好答应修改湖南省宪。修改后的省宪，加入不少彰显中央高于地方的内容，减少了原省宪里体现民主思想的内容。这使得湖南的联省自治愈发有名无实。
或许是意识到联省自治运动很可能以失败告终，章太炎开始思考退而求其次的政治方案。他建议在中央采取“行政委员制”，即设置五位或七位级别一致的行政首脑，“长短相济，调之适中”，以收互相制约之效。他认为这样可以避免出现段祺瑞或吴佩孚式仗着武力操控政局的人物。当然，放眼当时的中国，已经没什么人会重视章太炎这个意见了。
在联省自治思潮汹涌之际，陈独秀这样评价：“近来的联省自治论，非发生于人民的要求，乃发起于湖南、广东、云南等省的军阀首领，这个事实，我想无人能够否认。这种无病而呻的联省自治论，在这班军阀首领自然是有病而呻；所以我敢说现时的联省论，隐然以事实上不能不承认已成的势力为最大理由，是完全建设在武人割据的欲望上面，决非建设在人民实际生活的需要上面。武人割据是中国政象纷乱的源泉，建设在武人割据的欲望上面之联省论，不过冒用联省自治的招牌，实行‘分省割据’、‘联督割据’罢了。而且国内政论家若以苟且的心理，以为事实上不能不承认这种已成的势力，遂轻假以自治之名，则希图割据的武人得了时论的援助，人奋其私，师旅团长都可以效督军总司令之所为，假自治之名，行割据之实，一省之内又复造成无数小酋长的局面，更陷吾民于水深火热之中，这时诸君又将以他们‘不能立时放弃自治’为理由，以为事实上不能不承认他们已成的势力，来主张‘联道自治’、‘联县自治’吗？”从联省自治运动的实际效果来看，陈独秀的这番观察是很准确的。
就其本心而言，章太炎之所以主张联省自治，绝非为了讨好地方军阀。他有感于北洋系长期把持中央政权，干了不少卖国勾当，所以想借助其他力量来牵制他们。他相信只要各省能够有足够的力量，就可抵制中央政府的卖国政策，同时能避免为夺取中央政权而出现的战争。但他似乎并未考虑到，在军阀混战的年代，控制中央的北洋系固然不惮于做卖国勾当，但只要有合适机会，地方军阀一样也会做相似的事情，这与在中央掌权或在地方割据没什么关系。更为重要的是，章太炎自己也承认，要实现联省自治，必须先清除军阀势力。可是他除了将此寄希望于形式上的精英共商机制，也只能期盼“武人自身有觉悟”。而恰恰是这一点，在整个民初政治史中几乎难得一见。实力雄厚的军阀，在称霸一方基础上，不时觊觎中央政权；实力有限的军阀，则牢牢守住自己防区，让自己有一个较为固定的收取苛捐杂税之地。时人尝言：“吾国近年，伟人太多，军阀迭起，有地盘者，拥兵自重，务扩张其势力；无地盘者，不甘雌伏，日以捣乱为争夺之机。非此省侵踞彼省，即此党排击彼党，岁无宁日。调和者四面敷衍，满口仁义道德，相争者亦满口仁义道德。利用调和二字，以稳固其地盘，抵制他人之反抗。”这一观察，极有见地。
此外，以士绅为主体的本地精英虽然在普通民众面前可以高高在上，但面对有兵有枪的军阀，多数时候只能选择与之合作，或是沦为其附庸，或是成为其帮凶。严复曾这样评价民初的大小军阀：“夫吾国武人，固与欧美大异，身列行伍，大抵皆下流社会之民，真老泉所谓以不义之徒，执杀人之器者。”彼辈“处崇大优厚之地，操杀伐驱除之柄，而且兵饷之权不分，精械美衣，费帑无艺，则由是穷奢极欲，豪暴恣睢，分土据权，宁肯相让”。虽然多数军阀恰如严复描述的那样不学无术、尔虞我诈、妻妾成群，但他们却时常需要文人学士装点门面，显示自己礼贤下士、尊重道统。加之他们看准了地方精英渴望秩序稳定、渴望维持既有特权的心理，因此只需略作姿态，不难找到一批合作者。正如胡春惠所论：“以联省自治来解决国家僵局的热心者，多只是一些知识分子和地方士绅，他们既不能获得有枪阶级的衷心支持，也没有唤醒广大的群众作基础，所以被认为正像河水表面的一层油一样，猛看上去似能代表人民全体，但实质上却无底蕴。所以一时之间他们虽能对当时的军阀政客们，产生出一些德谟克拉西思想崇拜下的支配，但是在一阵疾风吹过以后，其支配作用也就消失得无影无踪了。盖联省自治运动的本身，就是一种迁就现实环境下不彻底的和平改良，在那千疮百孔的政局下，仅想用制定的一部省宪和省自治法，就可以赖法律造成事实，这是一项高格调的想法，对于民主法治根本没有扎根的中国，无异缘木求鱼。”就此而言，章太炎在给青年学生做演讲时，希望他们不要养成依靠已成势力的习惯。他自己也承认，“盖今日中国，为从古未有之变局。欲应兹变，非芟除军阀，则虽有优良之社会制度，终托空想”。可在参与政治活动时，他却总是想借助已成势力的力量来实现其目标，甚至被人利用而不自知，这不得不说是一个巨大的历史遗憾。